Este Forte de Arquitectura militar é seiscentista, tendo início da sua construção em 1670, sob ordem do Governador do Algarve, D. Nuno de Mendonça, Conde de Val dos Reis.

Em 1755 a fortaleza foi bastante danificada pelo terramoto e a capela completamente arruinada, salvando-se a imagem do orago.

Em 1758 capela foi descrita como sendo "muito antiga", como coberta por cúpula coroada por um alto obelisco octogonal de pedra e alvenaria, que servia como ponto para a navegação.

Em 1796 e mais tarde, em 1821, é alvo de obras de reconstrução uma vez que a fortaleza encontrava-se bastante danificada, permanecendo um canhão de calibre 18 desmembrado e uma pequena plataforma.

Em 1840 já tinham sido removido o canhão e a fortaleza e capela encontravam-se em ruínas e em 1871 foi adaptado a posto fiscal.

Em 1942 foi novamente alvo de obras de restauro na capela e acrescentado um telheiro sobre a fachada principal.

Em 1965 a Fortaleza e Igreja de Nossa Senhora da Encarnação volta a ser reparada, sendo a nave aumentada, substituído o telheiro e a construção de um anexo transversal à nave, para as actividades pastorais.

O sino original foi conservado sendo a torre sineira transferida para a frente do corpo principal do edifício.