O Hospital da Santa Casa da Misericórdia de Lagoa nasce ao jeito de pequeno albergue contíguo à Casa do Despacho, por sua vez anexa à igreja. Durante centenas de anos distribuiu assistência e caridade aos mais necessitados.

Até 1854 o edifício manteve a sua modesta traça, mas em 1862, o então Provedor da Santa Casa propôs que se fizesse dele um edifício alto, bem proporcionado e espaçoso. Joaquim António Pinto, irmão e tesoureiro da mesma instituição, esteve por detrás do projeto de melhoramento, notável para a época.

O novo edifício, inaugurado em 1867, satisfazia assim as necessidades do povo. Foi esse o visado por D. Carlos e D. Amélia na sua Visita Real ao Algarve, em 1897. Mas este segundo hospital viria a ser destruído por um devastador incêndio, deflagrado a 28 de abril de 1900. Quando se pensou reativá-lo houve unanimidade em não o fazer no edifício incendiado, por ser aquele um local pouco higiénico, junto à praça do peixe. Foi a 17 de abril de 1911, junto à saída sul da vila, que se procedeu à inauguração do terceiro e mais moderno hospital, aquele que hoje é reconhecido como tal.